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由於腸病毒型別很多，無法得過一次就終身免疫，而且目前並沒有疫苗可以預防（小兒麻痺除外），又可經口、飛沫及接觸等途徑傳染，控制不易，故民眾應注意下列預防方法：

一、高危險群：三歲以下小孩要特別小心，有較高比率得到腦炎、類小兒麻痺症候群或肺水腫。

二、增強個人之免疫力：注意營養、均衡飲食、適當運動及充足睡眠，新生兒可多餵食母乳，以提高抵抗力。。

三、加強個人衛生：正確且勤加洗手，幼童之照顧者或接觸者應特別注意個人衛生，避免藉由接觸傳染給嬰幼兒。

四、注意環境衛生：保持環境清潔及通風，兒童玩具（尤其是帶毛玩具）經常清洗、消毒。 。

五、避免接觸受感染者：避免出入過度擁擠之公共場所，不要與病患（家人或同學）接觸，尤其是孕婦、新生兒及幼童。

六、如有疑似腸病毒感染症狀請儘速就醫。

七、家中有病患時應注意：

（一）小心處理病患之排泄物（糞便、口鼻分泌物），且處理完畢應立即洗手。

（二）多補充水分，學童儘量請假在家休息，以避免傳染給同學。

（三）對家中之第二個病患要特別小心，其所接受的病毒量往往較高，嚴重程度可能提高。